Das Wohlbefinden der Schülerinnen und Schüler und damit die Aspekte Bewegung, Entspannung und Ernährung gehören seit langem zum Leitbild des Schulprogrammes (vgl. Schulprogramm, S.5f).

Als die Schule 2008 durch eine von der Stadt Bornheim organisierte Informationsveranstaltung von dem Projekt "Unterwegs nach Tutmirgut" erfuhr, war sie sofort bereit, sich auf den Weg zu begeben. Die Schule sah darin eine Chance, die Gesundheitserziehung konsequent und strukturiert in den Schulalltag einzubauen und dadurch das Ernährungs- und Bewegungsverhalten sowie die Stressregulation und das soziale Miteinander der Kinder nachhaltig zu verbessern. Gesunde Strukturen und Angebote wurden im Rahmen eines Schulentwicklungsprozesses nachhaltig geschaffen und ausgebaut. Dabei wurde die gesamte Schule mit allen Strukturen und Angeboten als eine Einheit gesehen.

Das Zertifikat „Tutmirgut-gesunde Schule“ ist die Qualitätsauszeichnung für eine gesundheitsfördernde Schule und wird vom Rhein-Sieg-Kreis für drei Jahre an die Schule vergeben. Nach Ablauf von drei Jahren stellt sich die Markus-Schule immer wieder einer weiteren Überprüfung, um die Nachhaltigkeit zu gewährleisten.